Il Museo è gestito dall'I.RSA, Istituto di Ricerche Storiche Archeologiche di Pistoia. È stato inaugurato a maggio 2010, e presenta varie eccellenze che lo rendono interessante ad un target piuttosto ampio di visitatori. Si trova all'interno dell'Ospedale del Ceppo, uno tra gli ospedali più antichi al mondo ad essere tutt'oggi funzionante e noto anche all'estero per la presenza del famoso fregio di scuola robbiana, che attira turisti da tutto il mondo.

Il museo propone, infatti, una ricostruzione della storia dell'ospedale, a partire da un sito archeologico sotterraneo lungo quasi 700 metri(completamente accessibile a disabili e dotato nella parte sotterranea di pannelli braille per non vedenti) e il cui progetto di recupero e valorizzazione è stato curato dalla nostra associazione.

Visitabili anche l'anfiteatro anatomico più piccolo del mondo e la sala dell'Accademia Medica con una interessante collezione di antichi ferri chirurgici.

Il museo fa, inoltre, parte di una rete museale che include anche il Museo Ferrucciano diGavinana, incentrato sulla figura di Francesco Ferrucci; il Museo della Rupe di Orvieto: altro interessante sito ipogeo e il Museo della SMI (Società Metallurgica Italiana) a Campotizzoro (San Marcello P.se), di prossima apertura, dove sono perfettamente conservati rifugi antiaerei della seconda guerra mondiale ad una profondità che varia da 15 a 30 metri.